Lungsod ang Bubaque sa Gini ug Bisaw. Nahimutang ni sa rehiyon sa Bolama, sa habagatan-kasadpang bahin sa nasod, 70 km sa habagatan sa Bissau ang ulohan sa nasod. 26 metros ibabaw sa dagat kahaboga ang nahimutangan sa Bubaque, ug adunay 9,244 ka molupyo. Ang Bubaque nahimutang sa pulo sa Ilha de Bubaque.